克羅恩病的治療藥物選擇要根據患者疾病的嚴重程度決定。有輕中度克羅恩病的患者，首選5-氨基水楊酸類藥物，如美沙拉嗪顆粒或片劑。如果是中重度克羅恩病，可以選擇激素聯合美沙拉嗪，如強地松，甲潑尼龍等。或免疫抑制劑，如硫唑嘌呤，環孢素等。重度克羅恩病的患者還可以選擇英夫利西單抗，該藥物是抗腫瘤壞死因子的藥物，臨床治療效果很不錯，但價格昂貴。