多囊卵巢綜合徵患者可以在月經週期的任何時期做檢查。患者可因排卵障礙，表現有月經失調，出現月經頻發、月經稀發或處於閉經狀態，此時並非一定要在早卵泡期進行檢查。

若患者已經數月沒有來月經，可以檢查生殖激素六項，觀察有無排卵或處在哪一卵泡期。若患者月經來潮45天或更長時間，也可以做激素六項檢查瞭解上述情況。如果已口服數月短效口服避孕藥，此時做激素檢查，可以選擇在早卵泡期，即月經來潮後的2-5天。因此時可根據激素變化，初步判斷停用避孕藥後月經能否恢復，即卵泡排卵能否恢復。

若激素水平異常，可以繼續用避孕藥調整，或停用避孕藥後有生育要求，可在月經期時口服或肌注藥物促排卵，幫助優勢卵泡產生，再進行排卵監測，以指導同房。所以多囊卵巢綜合徵患者月經不規律時，激素水平可選擇在任何時期檢查。