鼻咽癌起源於鼻咽黏膜上皮，光鏡和超微結構中被證實有鱗狀上皮分化，肉眼形態可分為4種類型：結節型、菜花型、潰瘍型和黏膜下浸潤型，通常結節型最為常見。

組織學分型採用鼻咽癌世界衛生組織分類2003版標準，分為角化型鱗狀細胞癌、非角化型鱗狀細胞癌和基底細胞樣鱗狀細胞癌。其他類型鼻咽癌包括腺癌、腺樣囊性癌、黏膜表皮樣癌以及惡性多形性腺瘤。