十二指腸潰瘍主要症狀是上腹部的疼痛，性質可有鈍痛、灼痛、脹痛、劇痛、飢餓樣不適。
　　典型的疼痛是發生於空腹狀態的，也就是飯前空腹飢餓時出現的，進食後疼痛可以緩解，吃鹼性食物如蘇打餅乾也可以緩解。患者常常會在在上午十點到十一點，下午四到五點出現疼痛。還會出現於夜間空腹的狀態下，特別是後半夜，常常會痛醒。疼痛多為燒灼樣或鈍痛，呈“節律性”疼痛，即“疼痛--進食--緩解”。疼痛有時可放射到後背對應的部位。可伴有反酸，嘔吐，胃脹。
　　典型患者的腹痛症狀往往有季節規律，在秋冬或冬春換季時發生，多年間反覆出現和緩解也很常見。即所謂“週期性”疼痛。可自行緩解。多怕進食冷食冷飲，喜熱喜按。飲酒或飲食不節制時疼痛會加重。緊張勞累時會加重。
　　部分十二指腸潰瘍患者的潰瘍腐蝕血管時會發生消化道出血。潰瘍是人類上消化道出血最常見的病因，出血時會有嘔血，黑便等需要急診治療。嚴重時會出現穿孔，突然發生的劇烈腹痛，難以忍受，也需要急診救治。有些患者第一次潰瘍發作時就會表現為出血和穿孔。
　　還有少數的十二指腸潰瘍患者沒有症狀，是“沉默的潰瘍”。這類潰瘍更容易出現併發症。
　　所以，十二指腸潰瘍雖然有典型的症狀，但並不能單純依靠症狀來發現十二指腸潰瘍，臨床診斷仍要依靠胃鏡檢查。