小腸淋巴瘤治癒率較高，大多數情況下小腸淋巴瘤可治癒，能治癒的大多數為B細胞非霍奇金淋巴瘤。小腸的T細胞淋巴瘤治癒率相對較低。

常有患者因小腸腫塊或腹痛等急腹症就診，需外科手術治療，術後經過病理診斷為小腸淋巴瘤，此時手術無法解決小腸淋巴瘤，切口恢復後即可進行全身治療。全身淋巴結互相溝通，必須進行全身藥物治療，首選化療和靶向藥物治療，B細胞淋巴瘤用美羅華加化療藥物R-CHOP的方案，很多患者經過手術治療加全身化療6-8個週期可治癒。