鼻咽癌晚期以放化療為主。對於不能承受放療，比如嚴重顱內轉移的患者，放療劑量達到極限，不能再增加放療劑量，這時以藥物化學治療、基因治療、免疫治療為主，必要時輔助中醫中藥治療。

對於局部轉移到頸部淋巴結的患者，手術切除顱底組織導致破壞，產生潰爛、腐爛壞死造成較多症狀，可由耳鼻喉科醫生在內鏡下對壞死組織進行清理，以提高患者生存質量，減緩腫瘤發展進程。