如果是腫瘤比較大的鼻咽癌，磁共振基本上能夠檢測出鼻咽癌。但也有一些非常早期的鼻咽癌侷限於黏膜，主要表現為黏膜的粗糙、充血，磁共振上不一定會增厚，甚至表現不出腫塊形式，單用磁共振很容易忽略早期的鼻咽癌。所以，目前早期鼻咽癌建議還是以內鏡，即纖維鼻咽鏡作為標準。

早期鼻咽癌裡需要關注咽隱窩，磁共振上正常的黏膜可能厚度在2mm左右，早期時可能變成3mm或者4mm，需要引起重視。此時磁共振比鼻咽鏡，特別是纖維鼻咽鏡會有優勢，一般早期的鼻咽癌往往沒有症狀，或者咽喉部不舒服，醫生常規進行篩查時才發現，所以一般真正出現症狀以後的鼻咽癌，往往是磁共振上能夠發現黏膜的顯著增厚，甚至是腫塊。所以少數的情況下鼻咽癌不能被磁共振發現。