松果體細胞瘤位置處於大腦中最核心的位置，靠近最核心的結構。松果體周圍最為常見的包括腦深部引流靜脈，腦幹，大腦內靜脈，靜脈均為深部腦核團的引流靜脈，功能十分重要。腦幹掌控人的意識、呼吸、心跳、血壓、四肢運動等重要的功能。所以相對而言，松果體細胞瘤的手術風險比淺部腫瘤大的多。做手術時面臨的風險包括：

1、出血：腦深部靜脈的出血，這類靜脈出血非常可怕，靜脈損傷可能導致腦深部重要核團重要組織的水腫，有致命的危險；

2、重要神經核團的損傷：腦幹損傷可能會導致病人出現動眼神經麻痺、面癱、嘴歪眼斜、聲音嘶啞甚至出現偏癱等嚴重併發症。手術在高倍顯微鏡底下進行，所以手術主要目標為儘可能的避免和預防併發症。