松果體細胞瘤的診斷主要包括以下幾方面：

1、影像診斷：術前常規應做CT、增強核磁，因為松果體細胞瘤在影像上缺乏特異性表現，比如像腦膜瘤、膠質瘤絕大部分在術前核磁能夠得到確診，而松果體細胞瘤與這個區域的其它腫瘤較難鑑別，比如畸胎瘤，腦膜瘤等。此部位的腫瘤相對發病率不高而且難以鑑別，所以術前只能大致評判；

2、病理免疫學的檢查：若術前懷疑為松果體細胞瘤，懷疑松果體區的生殖細胞瘤或畸胎瘤時，需進行病理免疫學的檢查。病理免疫學的檢查是松果體細胞瘤確診的金標準。可給患者提供分子亞型的診斷，提供指標，提示預後。而且為後續的放療、化療選擇提供輔助的辦法和幫助。