SPECT-CT的工作原理是對患者進行放射性核素的注射，然後它在體內會有一定分佈。患者躺在檢查床上，檢查床上有核醫學檢查探頭，有一定晶體排列，放射性核素衰變的過程中會放出一定射線，射線經過探頭晶體被顯像器所捕捉，然後在屏幕上出現顯像劑在體內的分佈情況，則做出了藥物代謝的顯像圖，這是SPECT-CT顯像的成像過程。

比如骨顯像，注射顯像劑之後，顯像劑是親骨性的顯像劑，在骨骼組織中有一定分佈狀態，在其他臟器中，比如腎臟，藥物從腎臟排洩，腎臟也會有一定顯像劑攝取，除了兩個器官外，其他組織器官裡顯像劑的分佈會很少，進行顯像的時候，顯像劑不停的在發生衰變，放出射線，然後機器可以捕捉到射線位置，成像出來的圖像是全身骨骼放射性分佈，即是骨骼圖像。