繼發性肝癌的預後通常根據原發病灶惡性程度進行判斷，比如如果肝轉移來自胃腸道，治癒機會相當大，無瘤生存期稱為治癒。因為胃腸道腫瘤，乳腺腫瘤相對放化療較敏感，而且惡性程度相對偏低，而腫瘤假如來源胰腺、肺或肝臟，胰腺腫瘤即使綜合治療，5年生存率也很低。所以一旦出現繼發性胰腺癌肝癌，遠期生存期會很差。

繼發性肝癌分兩種情況，一種相對預後較好，比如乳腺肝轉移，結直腸肝轉移預後都非常好。還有預後較差，比如肺癌轉移到肝臟、胰腺轉移到肝臟，相對預後較差。