多數情況下，腹瀉的寶寶口服益生菌有用。益生菌可以修復腸道屏障、抑制病原菌黏附，還可以競爭性地排除部分致病菌、調整腸道運轉、調節免疫系統功能，以幫助寶寶儘快恢復。但在以下特定情況下，不建議使用益生菌：

1、特殊治療：如使用PICC治療的寶寶，在應用全靜脈營養的情況下，部分益生菌不推薦使用；

2、腸炎：在新生兒期，寶寶如果患有壞死性小腸結腸炎，若使用某些益生菌，則可能導致細菌通過破損的腸道黏膜，進入到寶寶的血液循環中，引起繼發感染，所以這時不建議使用益生菌；

3、免疫缺陷：對於有嚴重免疫缺陷的寶寶，由於腸道屏障功能不健全，攝入益生菌可能會引起菌血症；

4、過敏：部分益生菌可能含有牛奶成分，所以對牛奶蛋白過敏的寶寶，不推薦用含有牛奶成分的益生菌。