在某些情況下頭孢克肟可以治療腹瀉，尤其細菌感染導致的腹瀉可以用抗生素治療，其中就包括頭孢克肟。頭孢克肟屬於第三代頭孢，對革蘭氏陰性菌有作用，腹瀉時大部分是革蘭氏陰性細菌感染，所以頭孢克肟可以應用。但並不是所有的腹瀉都需要應用頭孢克肟，如果腹瀉是由病毒引起，比如秋季腹瀉是輪狀病毒感染，所以用抗生素、抗菌素治療就不合適。

另外較多患者腹瀉是功能性腹瀉，並不是細菌感染，應用抗生素屬於濫用抗生素，屬於不對症的治療。所以如果出現腹瀉時，建議化驗血常規、檢查C反應蛋白之類的炎性指標，辨別是否有細菌的感染。如果有細菌的感染，患者合併發熱、腹痛等明顯的感染表現，可以應用頭孢克肟等抗生素治療。但如果患者的炎性指標並不高，考慮功能的腹瀉可能性比較大，就不要應用頭孢克肟治療，如果是病毒性感染，也不適合應用頭孢克肟。