寶寶秋季腹瀉通常5天左右會好，不超過1周。但腹瀉持續時間可能會因嚴重程度、抵抗力，以及治療是否及時、有無併發症等原因而存在差異。如果是較輕的秋季腹瀉，可能3-5天會痊癒，通常不超過1周。若感染較重或寶寶抵抗力較差，以及沒有及時干預，出現脫水及電解質紊亂，此時病程會超過1周。當寶寶出現繼發性乳糖不耐受，形成慢性腹瀉，甚至會超過2周。不過大部分寶寶屬於輕症，比較容易痊癒。

秋季腹瀉是腸道病毒感染引發的胃腸型感冒，寶寶可能會出現發燒、嘔吐、腹瀉等症狀，大便呈雞蛋湯樣，此時通常會出現繼發電解質紊亂。秋季腹瀉的治療主要是對症治療，比如寶寶存在嘔吐的現象。此時需要止吐，口服補液鹽預防和糾正脫水，可以使用收斂止瀉的藥物，比如蒙脫石散，給予止瀉治療。有一部分寶寶容易出現併發症，甚至出現心肌損傷，此時要針對併發症進行治療，如果出現繼發性乳糖不耐受，則需要服用乳糖酶糾正。