在明確為藥物導致腹瀉的情況下，首先進行停藥，停藥後，多數由藥物導致的腹瀉症狀可緩解，再同時輔以一些對症支持的治療。比如可以選擇蒙脫石散類藥物，蒙脫石散具有吸附、收斂的作用，可以減少大便次數。也可以加用地衣芽孢桿菌、枯草桿菌、雙歧桿菌等腸道益生菌，通過改善腸道的內環境，緩解腹瀉的症狀。

部分藥物導致患者腹瀉後不能停藥，比如抗腫瘤類藥物。如果腹瀉的症狀患者還能夠耐受，就可以在服用腫瘤藥物同時輔以改善腹瀉症狀的治療。同時要注意水、電解質的補充，避免腹瀉引起過多腸液丟失，造成體內水、電解質失衡。