HPV病毒與咽喉癌關係密切，但不能說HPV病毒能引起咽喉癌。HPV病毒也稱為人乳頭狀瘤病毒，其實在社會上非常常見，分類大概有100多種，總體可歸為兩大類，即低危型和高危型，一般腫瘤患者身上會檢測出高危型HPV病毒。目前國際公認，婦科宮頸癌和HPV有關，且是唯一關係明確的惡性腫瘤。

在頭頸部腫瘤，如喉癌、下嚥癌、口咽癌中，HPV扮演著非常重要的角色，且HPV陽性和HPV陰性在口咽癌部分患者中治療方案完全不同，但在其它咽喉腫瘤裡只能稱關係非常密切。我國並未將HPV病毒提出作為獨立致病因素，從而進行相應干預，所以目前引起咽喉癌的常見因素還是吸菸、飲酒、空氣汙染以及其他有害、刺激性物質，並不包括HPV感染。