間接喉鏡如果沒問題，在某些情況下，可能還需要進一步進行電子喉鏡檢查。兩者均可對下嚥部、喉部狀況進行檢查，但間接喉鏡檢查本身具有一定侷限性，很多患者下嚥部、喉部結構特殊，加上分泌物遮擋，通過間接喉鏡檢查難以完全觀察清楚。而且間接喉鏡需要從口腔進入，對於咽喉部較敏感、咽反射較劇烈的患者，更加難以看清楚。

而電子喉鏡檢查一般從鼻腔進入，對咽喉部刺激較小，前面鏡頭可以彎曲，比較靈活，觀察範圍更加全面，畫面也更加清楚。電子喉鏡同時具有吸引功能，一般能做到對喉部無遺漏的查看。間接喉鏡無法進行組織學活檢，如果喉部出現喉癌等異常病灶，僅能出具初步診斷。而電子喉鏡則可通過鏡身裡面的活檢管道，對異常病灶進行組織學活檢，並且進行病理診斷。而病理診斷是確診癌症的金標準，此時進行電子喉鏡很有必要。