慢性咽炎是很不好治療的疾病，因為一旦到了慢性，很多炎症都較難治療。原因是急性感染期間沒有得到及時治療處理，而導致炎症，病理、生理改變是逐漸發展的過程，而且這種發展過程很難用藥物來逆轉。

除此之外，慢性咽炎還有其他因素，如不良生活習慣、抽菸、喝酒，過多飲食辛辣食物，導致局部黏膜受刺激、受損傷，這種損傷在修復時也產生炎症變化。有些患者經常有不良生活習慣，如經常熬夜會造成人體內分泌紊亂。現在生活節奏加快，外界環境汙染，會對上呼吸道黏膜產生損傷。近來發現很常見的反流性咽喉炎，所導致的慢性咽炎也越來越多。