經內窺鏡逆行胰膽管造影手術時間與患者病情複雜程度、操作醫生熟練程度、內鏡器械先進程度有關。大部分手術時間為0.5-1小時，少數困難手術可以長達2-3小時，醫生越熟練，操作時間越短。

常見簡單膽總管結石等疾病操作時間相對較短，複雜膽胰腫瘤、異常解剖結構、低質量器械都會延長操作時間。術前準確評估，可以有效縮短手術時間。