因為牙周炎主要是齦下菌斑引起，齦下菌斑多數是厭氧菌，所以一般建議選用3%雙氧水稀釋2倍使用。如果使用含藥物的漱口水，建議使用氯己定漱口水，當然還有一些中成藥漱口水也可以使用，市場上品牌比較多。

牙周溢膿是牙周炎進展到比較嚴重階段的表現，也屬於牙周炎。臨床建議此類患者可先用雙氧水含漱，當起到厭氧菌殺滅作用以後，再加用藥物漱口水氯己定。漱口水只能起到輔助作用，不是必須的治療手段。