老年人患有糖尿病、心腦血管疾病、血液疾病等全身疾病的比例較高，因此用藥多而複雜，這些情況對於牙周手術存在一定影響，需要排除全身疾病等禁忌症，方能進行牙周手術，以免發生出血、感染或者危害全身健康，甚至危害生命的危險。

而且牙周炎本身的嚴重程度也會影響後續牙周手術的效果，如牙周支持組織破壞過多的患牙，可能導致術後牙齒鬆動加重，得不到預期的治療效果，因此對於手術指徵的把握尤為重要。

對於不能保留的牙齒須儘早拔除，不能為了強行保留而進行手術治療。另外，局部炎症刺激因素未消除時，因疾病導致不能進行良好的菌斑控制，以及大量吸菸等因素，均可影響牙周手術的效果。這些刺激因素都是牙周手術的風險，確定進行牙周手術前，需要進行全面的風險因素評估。