甲硝唑是一種適用於抗厭氧菌的消炎類藥物，對於牙周致病菌有一定殺菌作用。口服甲硝唑對於治療牙周炎有輕微效果，但是口服甲硝唑並不能將牙周袋內的牙結石還有細菌清除乾淨，牙周炎還會繼續發展。個別患者因為口服甲硝唑，牙周炎症暫時減輕，沒有及時就醫，反而延誤了最佳治療時機，導致牙周疾病加重，最終導致牙齒喪失。

牙周炎的治療是要控制菌斑，預防和治療牙周炎必要的基礎治療就是控制菌斑，只有通過洗牙、齦下刮治等機械方法去除齦上及齦下菌斑，去除牙周病促進因素，才能有效緩解牙周症狀。同時針對患者病情，要進行個性化口腔衛生知識宣教及自我口腔保健技術指導，才能真正治療和預防牙周病的發生和復發，這也是全世界公認牙周治療的金標準，無論是口服藥物還是局部用藥，都是基礎治療和手術治療的一種輔助手段。