治療鵝口瘡建議使用鹼性漱口液，可以維持口腔鹼性環境，首選碳酸氫鈉，即小蘇打水，但並非市場上賣的小蘇打水，而是需要在醫生的指導下配置的小蘇打水。通常建議鵝口瘡的患者使用碳酸氫鈉漱口液，因為碳酸氫鈉可以食用，較為方便。在清洗過程中，較小的孩子會將漱口水嚥下，不會吐出來，所以使用碳酸氫鈉漱口較為安全。

此外，鵝口瘡患者可以使用其他抗真菌藥物，如西吡氯銨、西帕依等，但不便於嚥下，對孩子不是特別適合。所以治療鵝口瘡的漱口液，首選碳酸氫鈉漱口水。