房顫主要危害為存在卒中風險，尤其對於年齡較大患者風險更大，房顫卒中存在多種危險因素，其中年齡為重要危險因素之一。若患者年齡＞65歲時房顫卒中危險會比年輕患者高几倍，對於老年人而言，出現房顫後預防卒中較為重要，通常建議患者口服藥物預防卒中，傳統藥物為華法林。華法林藥物效果較好，但缺點也較為明顯，即治療窗較窄，若服用量較少時可能無效果，而服用過量後易引起出血。

目前建議患者服用新型口服抗凝劑，代謝途徑以及作用機制與傳統藥物不同，服用時較為方便，而且出血風險也較低。此外，還可通過導管消融手術根治房顫，因引起卒中原因主要為房顫，若根治房顫後患者出現卒中風險也會逐漸降低。房顫發生血栓主要與心臟特殊結構即左心耳有關，目前存在新型治療方法，主要通過左心耳封堵預防卒中。