通常手術治療的肥厚型心肌病都是肥厚型梗阻性心肌病，此類患者術後常見併發症是房室傳導阻滯，在術後可能需要安裝心臟起搏器。如果早期患者恢復比較順利，則可以平安度過圍手術期。但由於患者心肌比較肥厚，所以依然存在突然猝死或者是心肌耗氧量、需氧量較高的情況，需用鈣離子拮抗劑、β受體阻滯劑來進行術後應用。

另外，對於度過圍手術期患者，出院之後應避免劇烈活動，因為除室間隔厚之外，心室壁、心尖也合併肥厚，存在預後不良的可能和風險。