心臟室間隔增厚病因較多，部分患者原來室間隔不厚，因為長期高血壓，心臟出現向心性肥厚，即心臟需要用較大的力量將血泵出去，長時間如此，心肌會為了適應這種很強大的收縮力而變得肥厚。如果患者有肥厚型心肌病，室間隔也會增厚，或者患者瓣膜有問題，比如有主動脈瓣狹窄，心臟長期需要用很大的力量才能將血液泵出，室間隔也會增厚。

根據不同病因引起的室間隔增厚，可以採取不同的針對病因的治療方法。通常情況下，如果是高血壓引起的室間隔增厚，要控制血壓，避免讓室間隔繼續增厚。如果是肥厚型心肌病引起的室間隔增厚，很難進行病因治療，若室間隔增厚已經影響心臟的收縮，造成左心室流出道梗阻，可能需要通過手術的方法把增厚的室間隔心肌切除。如果是瓣膜引起的室間隔增厚，需要把瓣膜的問題解決掉。