肥厚型心肌病導致的呼吸困難在活動後最常見，首先要停止活動，使心跳逐漸減慢，心肌收縮率減低，從而使心肌需氧量下降。再就是可通過藥物減慢心率，減弱心肌收縮力。如果上述兩種方法都不能改善呼吸困難症狀，或即使沒有運動也會有缺氧症狀，說明病情加重，可能需要手術治療。

肥厚型心肌病導致的呼吸困難，最主要是由心臟供氧和需氧之間失衡導致。肥厚型心肌病因心肌變得肥厚，需氧量因此增加，但供氧只取決於心臟外面冠狀動脈一些細小血管的供血，當需氧量增大而供氧量並未隨之增大，會出現胸悶、呼吸困難的症狀。所以可採取減少心肌耗氧，或者增大冠狀動脈供氧的方法改善。