眼肌型重症肌無力復發的處理措施，取決於患者之前眼肌型重症肌無力的治療方法。如果之前眼肌型重症肌無力沒有治療，這時復發後可先給予少量膽鹼酯酶抑制劑補充乙酰膽鹼，改善症狀。如果之前對於眼肌型重症肌無力，已經使用膽鹼酯酶抑制劑，又出現復發，而且症狀較重，可能考慮使用糖皮質激素預防反覆復發。

另外，預防眼肌型重症肌無力向全身型重症肌無力轉化，如果在復發前，眼肌型重症肌無力已經使用膽鹼酯酶抑制劑和糖皮質激素，但是仍然復發，就可能需考慮加用免疫抑制劑，比如硫唑嘌呤、利妥昔單抗或是他克莫司等抑制免疫藥物。如果復發較嚴重，出現全身型重症肌無力或是重症肌無力危象，可能考慮靜脈使用免疫球蛋白或靜脈進行血漿置換治療。