重症肌無力在20世紀60年代被發現與自身免疫功能障礙有關，即神經肌肉接頭的突觸後膜乙酰膽鹼受體被自身抗體攻擊，而引起的自身免疫性疾病，支持的證據主要有：

1、90%的重症肌無力患者血清中可以檢測到乙酰膽鹼受體抗體，血漿置換以後可以改善肌無力的症狀；

2、將患者的血清輸入小鼠，可產生類重症肌無力的症狀和電生理的改變，患本病的母親分娩的新生兒也可患重症肌無力；

3、80%的重症肌無力患者有胸腺肥大、淋巴濾泡增生，20%的患者有胸腺瘤，胸腺切除可以改善70%患者的臨床症狀，甚至可以痊癒；

4、一部分患者常常合併有自身免疫性疾病，包括臨床上常見的甲亢、系統性紅斑狼瘡、類風溼關節炎等。