經常肚子疼、腹瀉的主要原因有以下幾種：

1、腸道的炎症及非特異性腸炎，包括潰瘍性結腸炎、克隆氏病等，其主要是由於炎症導致腸道蠕動過快，從而產生疼痛和食物吸收不完全，引起腹瀉的症狀。

2、腸易激綜合徵，主要是由於腸道神經功能紊亂，導致腸道的蠕動過快，產生陣發性的絞痛及大便變稀、腹瀉。

3、腸道的息肉及腸道的腫瘤，也會產生大便性狀的改變，如大便次數增多或大便變細、變稀、不成形，以及大便帶血等，可通過腹部CT及腸鏡檢查進行鑑別診斷。