益生菌可以用於治療腹瀉，而且常作為腹瀉治療的首選用藥。

因為益生菌可以起到調節腸道菌群紊亂的作用，可以抑制腸道的致病菌，抑制腸道的炎症反應，所以可以起到緩解腹瀉的作用。另外，益生菌還具有一定提高機體免疫力的作用，還可以促進營養物質的消化、吸收。

益生菌幾乎不存在毒副作用，所以適用於廣大的患者，包括孕、產婦以及小兒。具體的益生菌選擇以及藥物的用法、用量，可以諮詢專科醫生。患者存在腹瀉症狀或者出現腸道菌群失調時，可以首先選用益生菌治療，必要時可以到醫院就診。