結核性腦膜炎病程相對較為遷延，抗結核的治療時間相對較長。臨床上經常使用三聯抗結核藥進行抗結核治療，三種藥物包括異煙肼、利福平和吡嗪酰胺，通常吡嗪酰胺3個月就可以停藥。耐藥菌株可以加用鏈黴素和乙胺丁醇，對利福平不耐藥的菌株，通常需要應用9個月。若屬於耐藥菌株，利福平的抗結核治療療程可以在18-24個月。

具體停藥時間還需結合臨床症狀，看是否出現發燒、頭疼、嘔吐，以及腰穿腦脊液的結果，看細胞數和蛋白是否還高，進行綜合判定。在服用抗結核藥物過程中，需注意反覆腰穿的檢查，影像學也需定期複查。同時需注意抗結核藥物的副作用，如肝、腎功能損傷。