臨床上較為常見的是把氯低於117mmol/L作為界限，氯低不代表是真菌性腦膜炎，與結核相比，結核性腦膜炎或者結核桿菌容易嗜氯，對氯的需求較多。通常血中的氯低於腦脊液中的氯，腦脊液的氯下降與血液中的氯下降存在相關性。腦膜炎病人經常會出現食慾不佳情況，血氯可以降低，因此腦脊液氯的降低程度要根據血液中氯的濃度決定，如果血液中氯降低，腦脊液的氯通常也會降低。

真菌性腦膜炎的判斷不以氯化物為標準，更多的是看塗片或培養是否找到真菌，比如新型隱球菌，可以通過染色確定，這是金標準。其他的特徵，比如糖降低、細胞數增高、蛋白的量增高等，是腦膜炎的標準。具體症狀應根據具體情況進行分析，尤其是要結合臨床改變進行分析。