隱球菌腦膜腦炎常見的後遺症通常有以下幾種：

1、認知障礙： 慢性的腦積水引起的認知障礙，由於隱球菌性腦膜腦炎顱壓較高，腦脊液的蛋白含量會較高，病程較長。腦膜腦炎好轉或者恢復後，腦脊液的改變比較慢，容易引起梗阻，導致壓力持續下不去，蛋白持續升高，此時腦脊液的迴流和重吸收發生問題，從而出現慢性腦積水。患者的主觀的症狀可能有頭痛、視乳頭水腫，有些患者逐漸會出現認知障礙、痴呆以及小便無法控制、步態障礙等，這些都預示著可能出現了腦積水，要及時進行處理和檢查、治療；

2、癲癇發作和智能障礙：隱球菌性腦膜腦炎是腦膜為主，但有部分患者腦實質也是有損害。即使疾病好轉，部分患者會遺留一定程度的智能障礙和癲癇發作，但發生率不是特別高，是可控的。