大部分病毒性腦膜炎能治癒，部分病毒性腦膜炎甚至有自限性。如果早期識別病毒性腦膜炎，及時到醫院就診，病毒性腦膜炎就不會發展成病毒性腦炎，部分病毒性腦炎無法治癒，會留有嚴重的後遺症。

如果病毒性腦膜炎沒有引起腦組織損害，沒有癲癇、肢體癱瘓、肢體的不自主運動等，單純的腦膜炎比較容易治癒，通常也不會留有後遺症。總之，如果及早、積極地治療病毒性腦膜炎，只損害腦膜則可以治癒，不影響腦組織，不出現局部的神經系統的體徵和症狀，是一個預後比較好的疾病。