結核性腦膜炎可以治癒，結核性腦膜炎明確治癒標準為臨床症狀完全消失、腦脊液恢復正常，療程結束後2年內無復發，且在此基礎上應繼續隨訪4-5年，無異常變化則表示完全治癒。結核性腦膜炎的預後與患者年齡、病情以及是否及時治療相關，治療越早預後越好。
發病時昏迷為預後不良的重要指徵，臨床症狀、體徵完全消失，腦脊液細胞數、蛋白、糖和氯化物恢復正常提示預後良好。此外患者死亡率的和高齡、延遲診斷及治療、用藥不合理、患者意識障礙、神經系統體徵及腦脊液蛋白量增高也存在相關性，老年結核性腦膜炎患者的臨床症狀表現不典型，全身症狀較差，合併症較多病死率較高，艾滋病感染合併結核性腦膜炎病死率也更高。結核性腦膜炎患者的死因多為多器官功能衰竭、腦疝等，倖存者可能會遺留後遺症，如兒童精神發育遲滯、癲癇發作、視覺障礙和眼外肌麻痺等。