兒童腦膜炎會出現後遺症，腦膜炎的類型較多，包括細菌性腦膜炎、病毒性腦膜炎、結核性腦膜炎、真菌性腦膜炎，其中容易發生後遺症的是細菌性腦膜炎。

細菌性腦膜炎，又稱為化膿性腦膜炎，屬於嬰幼兒期腦膜炎常見的類型，此類腦膜炎的後遺症較多，如腦積水，甚至後期會表現為嚴重的神經發育遲滯、視覺損傷、聽覺損傷、神經功能障礙、肢體偏癱等。若腦損傷較為嚴重，還可以繼發癲癇等後遺症。在20-30年前，由於抗生素的普及率較低，導致兒童化膿性腦膜炎的後遺症較為高發。目前隨著抗生素的普及，化膿性腦膜炎出現後遺症的概率較低。