人體接種腦膜炎疫苗後的常見副作用為發燒、注射局部紅腫、自身免疫紊亂等，但無需過於緊張，通常發生幾率較小。腦膜炎疫苗接種屬於關鍵操作，可以預防嚴重腦膜炎的發生。

另外，對於腦膜炎疫苗，由於感染的病原類型有所不同，而注射的疫苗也會有所不同，例如化膿性腦膜炎，此類腦膜炎在嬰幼兒時期的患病率較高且易遺留後遺症，另外還有乙型腦炎、病毒性腦炎等，均存在對應的疫苗。但乙型腦炎在臨床中較為危重，通過蚊子即可傳播。而病毒性腦炎較輕，如腸道病毒所致，但目前尚未普及此類疫苗。此外，對於結核桿菌引起的結核性腦膜炎，可以接種與結核桿菌對應的卡介苗，並且通常需在2歲內或嬰兒期接種。