兒童化膿性腦膜炎治療週期的長短，與病情的輕重以及感染細菌種類有關。如果感染流感嗜血桿菌，或者肺炎鏈球菌，患兒的治療週期可能相對較短，臨床上通常需要2-3周。如果感染大腸桿菌或者金黃色葡萄球菌，患兒治療週期可能為3-4周。

另外，在臨床上，部分難治性化膿性腦膜炎，患兒治療週期可能需要持續1-2個月。化膿性腦膜炎的停藥指徵通常包括臨床症狀消失、退熱1周以上，以及通過腰穿檢查腦脊液完全正常。