腦膜炎能否治癒取決於治療是否及時。絕大多數腦膜炎都可以治好，但也有部分腦膜炎起病時就很兇險，或者腦膜炎病因診斷很困難，或者有病原菌耐藥，或者因為治療不及時已經形成蛛網膜粘連、膿腫，甚至腦膜腦炎等就會留下後遺症，嚴重甚至還會死亡。引起腦膜炎常見的病原菌有細菌、病毒、真菌、寄生蟲等。腦膜炎的檢查都需要做腰穿化驗腦脊液，然後針對病原菌選擇敏感藥物治療。

真菌性腦膜炎，比如隱球菌性腦膜炎，起病較隱匿，病情較重，而且病程較長，特別容易和結核性腦膜炎鑑別不清。病人要做很多次腦脊液的檢查才能找到墨汁染色陽性的病原菌，而且在治療方面，隱球菌性腦膜炎的藥物副作用較大，因此預後較差，遺留後遺症幾率和死亡率也較高。