結核型腦膜炎治療療程較長，治療時間可能長達幾個月，通常需要9-12個月才能治好。結核桿菌需要進行足量、足療程的治療，因為結核桿菌容易耐藥和抵抗，所以治療難度較大。當懷疑有結核型腦膜炎，比如中樞神經系統感染時，需要及時啟動抗結核的治療。

抗結核的治療除了需要早期之外，還要足量、足療程連用多種藥物。通常情況下在急性期需要比較密集地治療2個月左右，往後要序貫地治療7-10個月，整個療程可能需要9-12個月。結核型腦膜炎死亡率較高，如果沒有及時治療死亡率高達55%-75%。