中樞神經系統結核感染，在腦部可以表現為腦部結核瘤，或者是結核性腦膜炎，對於結核性腦膜炎的臨床症狀，首先是會有全身症狀，比如發熱、乏力、盜汗等消耗症狀，其次在臨床上結核性腦膜炎可以表現為頭疼、噁心、嘔吐，有腦膜刺激徵等症狀。同時因為顱底病變可能會導致多顱神經受損，比如眼球外眨神經、面神經等可能都會受到結核型腦膜炎的影響。

結核腦膜炎通常會伴發腦積水症狀，也會有低鈉血癥等表現。但是腦內結核瘤患者一開始不一定會有臨床表現，最後隨著結核瘤不斷長大，可能會有顱內類似佔位的徵象，比如顱壓升高，可以表現為頭疼、噁心、嘔吐，有時結核瘤壓迫其他部位，也會有相應的神經系統症狀、體徵。