新型隱球菌的腦膜炎抗真菌治療，應首選兩性黴素B聯合5-氟胞嘧啶。兩性黴素B是多烯類的抗真菌藥物，能選擇性的與真菌細胞膜上的麥角固醇結合，使細胞膜的通透性增加，最終導致真菌死亡。兩性黴素B治療中樞神經系統的隱球菌病，療效肯定，該藥具有抗真菌譜廣、耐藥真菌少、半衰期長及每日只需用藥一次的優點。但該藥不良反應也較突出，包括寒戰、發熱、頭痛、食慾減退、噁心、嘔吐、腎功能損害、貧血和肝損害等。

5-氟胞嘧啶是嘧啶類的抗真菌藥物，該藥物通過抑制真菌細胞內DNA的合成，達到殺菌的作用。腦脊液的通透性良好，腦脊液濃度可高達血液濃度的75%。本藥因為抗真菌譜窄、毒性作用較多以及易快速產生耐藥性的特性，不易單獨使用，臨床常與兩性黴素B聯合應用。

5-氟胞嘧啶的不良反應有食慾減退、噁心、嘔吐和腹瀉等胃腸道反應，以及骨髓抑制、損害和皮疹等，但停藥後可緩解。目前各種指南仍然推薦兩性黴素B聯合5-氟胞嘧啶為首選治療方案，尤其適用於中、重型的患者，以及出現昏迷、失明、腦神經麻痺和腦積水等併發症的患者。