對於細菌性腦膜炎，治療療程即是抗菌藥物的應用療程，療程結束是評價指標，停用抗生素時間節點即認為已治癒。肺炎鏈球菌腦膜炎療程一般是10-14天，治療2周後一般認為治癒。流感嗜血桿菌一般需要1周左右或7-10天。部分葡萄球菌治療療程需要2周，或者更長時間。對於其它耐藥細菌引起的化膿細菌性腦膜炎，療程可能會更長，甚至需要4-6周。

不同微生物病種、不同感染時期所需療程不同，在這過程中有很多評價指標，比如影像學指標、腦脊液指標，可評判療程，還可依靠臨床症狀判斷療程，如發熱、頭痛等症狀有無緩解。