新型隱球菌性腦膜炎是顱內真菌性腦膜炎，真菌也叫隱球菌，80%易發生於樞神經系統，因此稱為隱球菌腦膜炎。針對這種腦膜炎主要用抗真菌藥物，臨床上常用的抗真菌藥物為兩性黴素B或者氟胞嘧啶和氟康唑聯合治療。對於聯合治療，可以參考國際和國內聯合治療方案，參考要分兩個階段的治療，前期階段叫誘導強化期治療，需要6-8周時間，甚至更長；後期階段叫鞏固期治療，需要3-4個月的時間，甚至更長。在強化期一般使用兩性黴素B聯合氟胞嘧啶進行治療，在鞏固期一般單用氟康唑進行鞏固治療。

我國隱球菌感染治癒率大概是80%-85%。除使用藥物抗真菌治療之外，還要控制顱內高壓，這類疾病治療後死亡率約為15%-20%，主要原因為顱內高壓控制不佳導致患者最終發生腦疝而死亡。顱內高壓急性期一般需採取腰大池引流或者腦室外引流進行控制，少數則需在採取積極抗真菌藥物治療的同時，進行腦室腹腔分流手術。