隱球菌腦膜炎的藥物治療首選兩性黴素B加氟胞嘧啶進行誘導治療，約為6-8周，然後使用氟康唑，進行鞏固和維持治療大概6-12個月。除抗真菌的藥物治療，還應根據患者的臨床表現，如有無顱高壓、腦積水等，並給予相應治療，如脫水、降顱壓，用甘露醇、中藥、白蛋白脫水降顱壓。

如果療效不好，可輔以腰椎穿刺、腰池引流，必要的時候甚至要做鞘內給藥。對於部分已經出現腦積水，甚至出現腦疝的患者，可能要考慮做V-P分流，幫助緩解和控制症狀，避免後遺症發生。