通常腦膜炎後遺症經過積極治療大部分可以治癒，但嚴重的腦膜炎遺留的後遺症可能會伴隨終生。腦膜炎後遺症指腦膜炎患病6個月後患者症狀未被治癒，仍存在神經功能缺損，後遺症的預後與以下幾個因素有關：

1、病因：病因不同，後遺症嚴重程度不同，治療難度不同；

2、治療：是否及時、對症且針對性進行治療，遺留後遺症幾率較小，即使出現後遺症，但症狀相對較輕；

3、年齡：如果在發育的關鍵年齡前患腦膜炎，對以後影響相對較大，後遺症治癒的可能性相對小。

化膿性腦膜炎的後遺症治療較困難，可能會伴隨終生，需長期進行康復鍛鍊以及藥物治療。結核型腦膜炎遺留的後遺症，可以為腦積水、顱內壓增高、認知功能障礙等，所以罹患腦膜炎後，建議儘早診斷、治療，以免遺留嚴重後遺症。