病毒性腦膜炎的治療和其他疾病相同，分病因治療與對症治療。目前抗病毒的特異性藥物較少，主要進行免疫治療，如給予免疫球蛋白治療，免疫球蛋白有調節免疫、抑制免疫的作用，同時給予廣譜抗病毒治療。對症治療是針對不適症狀給予對症治療，如頭痛、噁心，可以止嘔或者止痛，甚至還有病毒性腦膜炎會發作癲癇，要進行抗癲癇治療，如果合併腦水腫，適當給予脫水或者減輕腦水腫的治療。