單純病毒性腦膜炎因為是自限性疾病，不會引起後遺症。但是沒有得到正確、正規治療的病人病情會進展，會引起腦膜腦炎。病人腦膜方面有炎症，進一步發展後影響腦實質引起腦炎，遺留神經系統後遺症。實際上，老百姓口中的病毒性腦膜炎多指病毒性腦炎，病毒性腦炎是一種損害腦實質的顱內感染，嚴重者導致顱腦損傷。失治、誤治或者治療效果不佳會造成腦性癱瘓，即常說的腦癱，或者造成嚴重痴呆、癲癇，甚至成為植物人，最嚴重的後果會危及生命。病毒性腦膜炎根據病毒種類不同，有多種病毒性腦炎，最常見的病毒性腦炎是單純皰疹病毒性腦炎，即單皰腦炎，其次是帶狀皰疹、病毒性腦炎等。