微血管減壓術可能遺留後遺症，但是後遺症的發生率並不高，最常見的後遺症為頭暈、頭痛。並且因為手術入路靠近乳突，術後乳突開放，患者可能出現耳悶、耳鳴的感覺。一旦遺留此類感覺，患者可能難以恢復。

大部分患者在微血管減壓術後出現的耳鳴、頭痛、頭暈等為暫時性症狀，隨著術後康復及藥物治療，患者症狀則會逐漸消失。